Im Kulturkampf unter Bismarck fanden die Benediktinermönche von Beuron (Hohenzollern) Zuflucht in Österreich. Sie durften zunächst die alte Abtei Emmaus in Prag übernehmen. Da die Gemeinschaft rasch wuchs, dachte man an eine Neugründung. Die Grazer Prälaten Alois und Johann Karlon lenkten den Blick der Benediktiner auf das verödete Stift Seckau, das unter der Verwaltung der Vordernberger Radmeister-Communität stand.
1883 wurde das Stift von den Beuroner Mönchen käuflich erworben; am 8. September desselben Jahres konnte das klösterliche Leben wieder beginnen.
1886 stürzte der Nordturm der Kirche ein, der Südturm musste daraufhin abgetragen werden. Trotz dieser Katastrophe wurde Seckau nicht aufgegeben, sondern 1887 zur Abtei erhoben. Die Rettung des desolaten Stiftsgebäudes ist vor allem dem ersten Abt Ildephons Schober zu verdanken.
