Ab 1164 widmeten sich die Chorherren nicht nur der Pfarrseelsorge, sondern verwalteten einen großen Landstrich, den sie teilweise auch urbanisierten. Innerhalb der Klostermauern entwickelte sich eine Schreibstube, deren beeindruckende Handschriften noch heute einen der größten Schätze in der Universitätsbibliothek Graz darstellen.
1218 errichtete der Salzburger Erzbischof Eberhard II. ein Suffraganbistum Seckau, um seine Interesssen auch in dieser Region vetreten zu können. Die Basilika wurde um eine Vorhalle vergrößert, die über Jahrhunderte auch als Gerichtsort verwendet wurde.
1259 brannten Teile des Stiftes nieder, auch die romanische Holzdecke der Kirche fiel dem Brand zum Opfer. In der Folgezeit entstand ein heute verlorener gotischer Kreuzgang. Die Klosteranlage, vor dem Brand wahrscheinlich noch teilweise aus Holz bestehend, wurde wieder errichtet. Zwischen 1460 und 1480 verheerten Pest, Heuschrecken und Türken das Land, das seit ca. 1150 bestehende Chorfrauenkloster musste aufgehoben werden.
Verschiedene Baustile als Spiegel der Geschichte Seckaus
Nach dieser Krise erhielt die Kirche im 15. Jahrhundert unter den Pröpsten Andreas Ennsthaler und Johannes Dürnberger ihre gotische Ausstattung. Seckau wurde einer der bedeutendsten Marien-Wallfahrtsorte in der Steiermark.
Im 16. und 17. Jahrhundert wurde der mächtige Renaissancebau des Stiftes errichtet. Durch die ständige Türkengefahr ließen sich die Pläne zur Barockisierung der Kirche nicht verwirklichen. Für deren Abwehr verlangten die Landesfürsten riesige Summen vom Stift, so dass das Geld für den Umbau nicht aufgebracht werden konnte.
Aufhebung durch Kaiser Joseph II
Nach 640 Jahren wurde das Stift Seckau am 13. Mai 1782 von Kaiser Joseph II. aufgehoben und der Sitz der Diözese Seckau nach Graz verlegt. Es folgte eine Zeit des Verfalls. Die Bücher der Bibliothek und viele Kunstschätze wurden verschleppt, die romanische Pfarrkirche St. Jakob wurde abgerissen, mehr als ein Drittel der Stiftsanlage verfiel.
